De BCND heeft een dagelijks bestuur, bestaande uit een voorzitter, secretaris en penningmeester. Per aangesloten discipline wordt een afdeling opgericht, die als het ware een poot onder de koepel vormt en de vertegenwoordiging vormt van een specifieke groep diertherapeuten, die voldoen aan hetzelfde beroepsprofiel. Voorbeelden van afdelingen:

• Natuurgeneeskunde voor dieren
• Toegepaste natuurgeneeskunde voor hond en paard
• Homeopathie voor dieren
• Osteopathie voor dieren

Het bestuur bestaat uit een maximum van 7 personen. De bedoeling is dat iedere afdeling een vertegenwoordiger in het bestuur heeft.

Daarnaast is in het Huishoudelijk Reglement vastgelegd, dat het bestuur bijgestaan wordt door een aantal commissies. Dit om haar taken te verlichten. Deze commissies zijn:

• De ballotage/visitatiecommissie houdt zich bezig met het onderzoeken of opleidingen voldoen aan de door de vereniging gestelde eisen, zodat personen die deze opleidingen gevolgd hebben, zich bij de beroepsvereniging kunnen aansluiten. Daarnaast inventariseert de commissie de achtergrond van kandidaat-leden en onderzoekt steekproefsgewijs of aangesloten beroepsbeoefenaars nog voldoen aan de gestelde eisen.
• de tuchtcommissie (extern georganiseerd) bemiddelt in geschillen tussen leden onderling en tussen leden en niet-leden.
• De na/bijscholingscommissie regelt de verplicht te volgen na- en bijscholingsdagen. Ook regelt ze workshops en seminars voor de afdelingen en organiseert ze algemene scholingsdagen.
• De activiteitencommissie houdt zich bezig met het organiseren van speciale activiteiten, die niet direct verband houden met na- en bijscholingsdagen. Deze werkt in samenwerking met de na/bijscholingscommissie.
• De Marketing en PR commissie; brengt het verenigingsorgaan uit, verzorgt de website en initieert marketing en PR activeiten als uitingsvormen (folders etc), beursdeelnames etc..
• De afdelingscommissie houdt zich bezig met het besturen van de afdeling. Zij houdt ontwikkelingen bij in het beroepsspecifieke werkveld, signaleert tendensen, zodat hierop tijdig kan worden ingespeeld. De voorzitter maakt deel uit van het hoofdbestuur.

Statutair gezien is er nog een commissie, namelijk de kascommissie. Deze wordt samengesteld uit willekeurige leden en deze doet een jaarlijkse controle op de boeken van de penningmeester. Tijdens de jaarlijkse ALV (Algemene Leden Vergadering) doet de commissie verslag van haar bevindingen. Zij kan zich laten bijstaan door een deskundige, indien bijzondere boekhoudkundige kennis vereist is voor haar werk.